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build/pgo/js-input/regexp-dna.html@129ffea94266 (annotated)

build/pgo/js-input/regexp-dna.html

Sat, 03 Jan 2015 20:18:00 +0100

author
Michael Schloh von Bennewitz <michael@schloh.com>
date
Sat, 03 Jan 2015 20:18:00 +0100
branch
TOR_BUG_3246
changeset 7
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-rw-r--r--

Conditionally enable double key logic according to:
private browsing mode or privacy.thirdparty.isolate preference and
implement in GetCookieStringCommon and FindCookie where it counts...
With some reservations of how to convince FindCookie users to test
condition and pass a nullptr when disabling double key logic.

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michael@0 1714 ggaagcgctttgtaccttacttcccttttcgttgcgtaatatgaatttcatatagtaagt\n\
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michael@0 1716 gtattgatggaaatgacccgtaggagatttaccactcaatccacaagattcgctgctgtg\n\
michael@0 1717 cattatcaaaacagtgcatgtcgaaacatgggttgggtccttcaaacacgaatccaggta\n\
michael@0 1718 gagatacctttgcaattttt\n";
michael@0 1719
michael@0 1720 dnaInput = dnaInput + dnaInput + dnaInput;
michael@0 1721
michael@0 1722 var ilen, clen,
michael@0 1723 seqs = [
michael@0 1724 /agggtaaa|tttaccct/ig,
michael@0 1725 /[cgt]gggtaaa|tttaccc[acg]/ig,
michael@0 1726 /a[act]ggtaaa|tttacc[agt]t/ig,
michael@0 1727 /ag[act]gtaaa|tttac[agt]ct/ig,
michael@0 1728 /agg[act]taaa|ttta[agt]cct/ig,
michael@0 1729 /aggg[acg]aaa|ttt[cgt]ccct/ig,
michael@0 1730 /agggt[cgt]aa|tt[acg]accct/ig,
michael@0 1731 /agggta[cgt]a|t[acg]taccct/ig,
michael@0 1732 /agggtaa[cgt]|[acg]ttaccct/ig],
michael@0 1733 subs = {
michael@0 1734 B: '(c|g|t)', D: '(a|g|t)', H: '(a|c|t)', K: '(g|t)',
michael@0 1735 M: '(a|c)', N: '(a|c|g|t)', R: '(a|g)', S: '(c|t)',
michael@0 1736 V: '(a|c|g)', W: '(a|t)', Y: '(c|t)' }
michael@0 1737
michael@0 1738 ilen = dnaInput.length;
michael@0 1739
michael@0 1740 // There is no in-place substitution
michael@0 1741 dnaInput = dnaInput.replace(/>.*\n|\n/g,"")
michael@0 1742 clen = dnaInput.length
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michael@0 1744 var dnaOutputString;
michael@0 1745
michael@0 1746 for(i in seqs)
michael@0 1747 dnaOutputString += seqs[i].source + " " + (dnaInput.match(seqs[i]) || []).length + "\n";
michael@0 1748 // match returns null if no matches, so replace with empty
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michael@0 1750 for(k in subs)
michael@0 1751 dnaInput = dnaInput.replace(k, subs[k], "g")
michael@0 1752 // search string, replacement string, flags
michael@0 1753
michael@0 1754
michael@0 1755 var _sunSpiderInterval = new Date() - _sunSpiderStartDate;
michael@0 1756
michael@0 1757 document.getElementById("console").innerHTML = _sunSpiderInterval;
michael@0 1758 </script>
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