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Wed, 31 Dec 2014 06:09:35 +0100

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Michael Schloh von Bennewitz <michael@schloh.com>

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Wed, 31 Dec 2014 06:09:35 +0100

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michael@0	1636	ggtctaacgcattaatgtttgggtacatcttccatcatataaacaggaagagtctgacga\n\
michael@0	1637	cagggagtgcttgcgatcatgtctatcattgtgaaatcaaattgtagctcacatgtcgtc\n\
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michael@0	1641	cgatcggacgtagaaagtggtcccatcactttgagttgatattgttgaaccacacgttat\n\
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michael@0	1677	cattatcaaaacagtgcatgtcgaaacatgggttgggtccttcaaacacgaatccaggta\n\
michael@0	1678	gagatacctttgcaattttt\n";
michael@0	1679
michael@0	1680	dnaInput = dnaInput + dnaInput + dnaInput;
michael@0	1681
michael@0	1682	var ilen, clen,
michael@0	1683	seqs = [
michael@0	1684	/agggtaaa|tttaccct/ig,
michael@0	1685	/[cgt]gggtaaa|tttaccc[acg]/ig,
michael@0	1686	/a[act]ggtaaa|tttacc[agt]t/ig,
michael@0	1687	/ag[act]gtaaa|tttac[agt]ct/ig,
michael@0	1688	/agg[act]taaa|ttta[agt]cct/ig,
michael@0	1689	/aggg[acg]aaa|ttt[cgt]ccct/ig,
michael@0	1690	/agggt[cgt]aa|tt[acg]accct/ig,
michael@0	1691	/agggta[cgt]a|t[acg]taccct/ig,
michael@0	1692	/agggtaa[cgt]|[acg]ttaccct/ig],
michael@0	1693	subs = {
michael@0	1694	B: '(c|g|t)', D: '(a|g|t)', H: '(a|c|t)', K: '(g|t)',
michael@0	1695	M: '(a|c)', N: '(a|c|g|t)', R: '(a|g)', S: '(c|t)',
michael@0	1696	V: '(a|c|g)', W: '(a|t)', Y: '(c|t)' }
michael@0	1697
michael@0	1698	ilen = dnaInput.length;
michael@0	1699
michael@0	1700	// There is no in-place substitution
michael@0	1701	dnaInput = dnaInput.replace(/>.*\n|\n/g,"")
michael@0	1702	clen = dnaInput.length
michael@0	1703
michael@0	1704	var dnaOutputString = '';
michael@0	1705
michael@0	1706	for(i in seqs)
michael@0	1707	dnaOutputString += seqs[i].source + " " + (dnaInput.match(seqs[i]) || []).length + "\n";
michael@0	1708	// match returns null if no matches, so replace with empty
michael@0	1709
michael@0	1710	for(k in subs)
michael@0	1711	dnaInput = dnaInput.replace(k, subs[k], "g")
michael@0	1712	// search string, replacement string, flags
michael@0	1713
michael@0	1714	assertEq(dnaOutputString, "agggtaaa|tttaccct 0\n[cgt]gggtaaa|tttaccc[acg] 9\na[act]ggtaaa|tttacc[agt]t 27\nag[act]gtaaa|tttac[agt]ct 24\nagg[act]taaa|ttta[agt]cct 30\naggg[acg]aaa|ttt[cgt]ccct 9\nagggt[cgt]aa|tt[acg]accct 12\nagggta[cgt]a|t[acg]taccct 9\nagggtaa[cgt]|[acg]ttaccct 15\n")